新修正的《土地管理法》第62、67、78条等，从法律上明确了农业农村部门对宅基地管理、改革和执法监管职责。第78条规定：“农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋”。该条款明确指出违法主体是农村村民，违法行为是非法占用土地（非特指占用宅基地）建住宅，无论是否取得宅基地审批，无论占用的是何种用途土地，均属于农业农村部门的法定职责，由农业农村部门负责查处。按照“依法行政”及“法无授权不可为”的原则，自然资源主管部门在没有法律授权的情况下，继续对农村村民非法占地建住宅的行为（包括违建时间在2020年1月以前的）进行查处于法无据，属于越权行政。

2018年中央对自然资源部和农业农村部的“三定”批文中明确，农村宅基地改革和管理职责，包括宅基地执法由原国土资源部划归农业农村部。省委编办在机构改革“三定”方案中规定，省农业农村厅“指导宅基地分配、使用、流转、纠纷仲裁管理和宅基地合理布局、用地标准制定、违法占地查处，指导闲置宅基地和闲置农房利用工作”，进一步明确了我省农业农村部门具有宅基地违法占地查处的职责。

对于《土地管理法》关于宅基地管理和查处的规定，省内外法院系统、检察院系统在司法实践诉讼及裁判中，均认为农村村民违法占用土地（包括各类土地）建设住宅（包括违建时间在2020年1月以前的）应由农业农村部门查处。例如：陕西省商洛市中级人民法院审理的商洛市商州区农业农村局不履行法定职责一案；黑龙江省龙江县人民法院审理的龙江县自然资源局对隋传忠未经批准占用耕地建设住宅违法行为处罚申请强制执行一案；北京市顺义区人民法院审理的程宝利诉北京市规划和自然资源委员会不履行法定职责一案；湖南省永州市零陵区人民法院审理的杨明诉永州市自然资源和规划局一案；湖北省枣阳市检察院向枣阳市农业农村局就农村村民非法占地建住宅的行为提起行政公益诉讼一案等。